O samoj
vještini Ninjutsu javnost zna vrlo malo, pa čak i u samom Japanu. Prvi
puta se spominje negdje oko 520. godine. Za vrijeme vladavina raznih
Shoguna (vojskovođa), Japan je bio podijeljen na desetine provincija
kojima su vladali vojni zapovjednici, Daimyoi.
Između ovih zapovjednika vodile su se vrlo često borbe za moć i prevlast.
Njihove vojske su se otvoreno sukobljavale, a u tim borbama su se borili
i ginuli mnogi ratnici – Samuraji (Bushi). Za Samuraja je bila čast
poginuti za svoga gospodara u otvorenoj borbi, jer im je tako nalagao
njihov kodeks časti – Bushido – Put ratnika. Međutim, za posebne potrebe
u vrijeme ratova, Daimyoi su upotrebljavali Ninja ratnike jer oni nisu
bili sputavani Bushido kodeksom poput Samuraja, te su bili specijalno
obučeni i usavršeni za sve vrste i načine borbe u svim uvjetima.
Zadaci koje su Ninje obavljali sastojali su se od špijunaže i prikupljanje
podataka, različitih diverzija i sabotaža, ubijanja neprijateljskih
zapovjednika, itd. Za Ninju je bilo najvažnije obaviti zadatak, i to
po svaku cijenu – to je bio njihov kodeks.
U Kamakura periodu japanske povijesti, mnogi ljudi su se zbog vlastite
sigurnosti sklanjali u planine oblasti Iga i Koga napuštajući red Bushi-ja,
te ih naseljavali živeći kao Jizamuraji, ratnici koji žive kao seljaci.
Zbog toga su bili pod stalnim pritiskom Shogunove vojske, koja ih je
nastojala uništiti. Da bi se zaštitili, morali su razvijati i usavršavati
ratničke vještine uz minimum opreme i sredstava, jer je oružje bilo
zabranjeno svima koji nisu bili pripadnici Bushi klase, koji su radili
za Shoguna.
Negdje izme|u 794. - 1192. godine, Ninjutsu se počeo razvijati u vještinu
kakvu danas poznajemo. Za razvijanje Ninjutsua zaslužno je također i
nekoliko kineskih ratnika, učitelja i svećenika, koji su putovali divljinama
širom Japana. Gamon, Garyu, Kain, Unryu i generali T'ang dinastije Cho
Gyoko, Ikai i Chan Busho donijeli su sa sobom znanje akumulirano stolječima
u njihovoj matičnoj zemlji. Vojna strategija (Sun Tzu), religija, filozofija,
folklor, kulturni koncepti, medicina, mistika, skupljani u Carskoj Kini
iz Indije, Tibeta i Južne Azije, našli su mjesto u razvoju Ninjutsua.
Odlučujuće za razvoj Ninjutsua bilo je spajanje borbenih tehnika sa
tehnikama bešumnog kretanja, prikradanja i nestajanja, te susret sa
moćnom, ratnički orijentiranom i organiziranom sektom zvanom Yamabushi.
Yamabushi, planinski ratnici-svećenici, bili su sekta koju je proganjala
carska vojska, a prakticirali su Shugendo.
Ninjutsu vještina borenja bila je strogo čuvana tajna, koja se prenosila
unutar porodice ili klana sa oca na sina, ili na najboljeg učenika,
a ukoliko učitelj nije imao nasljednika, škola se ugasila. Najpoznatije
i najjače Ninja obitelji bile su rasprostranjene po Iga i Koga (danas
Mie i Shiga) oblastima Japana.
Između 1854. i 1859.g. neki od Iga Ninji su surađivali sa vojskom carskih
pristaša i pridružili su se postrojbi dvorskih patrola. Oni su bili
izvor velikog uništenja u Shinsen Gumi (Shinsen grupi) koji su bili
ninje tjelihranitelji u Tokugawa Shogunatu.
1863.g. mnoge ninje su se pridružile Tenchigumi-u, grupi većinom sastavljene
od Ninji ekstremista. Njihovi vođe su bili Yoshimura i Fujimoto Tesseki.
Oni su pokušali ustati protiv Tokugawa Shogun-a, ali njihov broj nije
bio dorastao velikom broju Shogun-ovih samuraja i mnogi su bili ubijeni.
10 godina kasnije, u obnovljenom ratu, Ninje su se pridružile objema
vojskama tako da su se međusobno raspoznavale u brojnim bitkama i protiv
Cara. Za vrijeme bitke u Toba-i, postrojbe Fushimi Ninja su efektno
pokazali svoje vještine na bojnom polju.
U 19. Stoljeću Ninje iz Iga-e i iz Koga-e su bile ograničene radeći,
ništa više, od policijskog i tjelohraniteljskog posla. Mnogi od Ryu-eva
koji su preživjeli masakr 300 godina prije su iščezavali u ništavilu
kao rezultat mira koji je donio Tokugawa Ieyasu 1601.g.
U bitci Tenchigumi, pripadnik Koppojutsu Ryu-a (Gikan Ryu) je bio ranjen
dok se borio protiv Cara. Povukao se u obližnji hram gdje ga je našao
Ninja koji je bio pripadnik Kukishinden Ryu-a (vidi poglavlje 7). Njegovo
ime je bilo Ishitani Matsutaro.
Izdvojen od Ishitani-a, samo je jedan drugi Ninja nastavio podučavati
i održavati Ninjutsu živim. To je bio Toda Shinryuken Masamitsu, Soke
Togakure Ryu-a, koji je kasnije prenio sve svoje znanje na 33. Sokea
Toshitsugu Takamatsua, učitelja Masaaki Hatsumia.
